Le Roi s’en empare et les transforme en de véritables forteresses militaires chargées de défendre la frontière française face au royaume d’Aragon. Dans cette lutte acharnée, les abbayes jouent un rôle de soutien à l’Église catholique. Peu à peu, les châteaux tombent aux mains des seigneurs du Roi. Bonshommes et bonnes femmes sont contraints de fuir. A la Croisade succède l’Inquisition. Face à ce tribunal religieux, les croyants cathares ont le choix : abjurer leur foi ou être condamnés au bûcher. L’Inquisition aura raison du catharisme. Le dernier parfait est brûlé en 1321 à Villerouge-Termenès, près d’un siècle après le début de la Croisade.